tv集数剧情－宫野厚司与宫野艾莲娜结婚，进入黑衣组织，参与进行aptx4869的研究。
后生下宫野明美与宫野志保（即灰原哀、雪莉/sherry），后
“意外死亡”。志保到美国留学，之后回到日本继续aptx4869的研究。
真实身份为黑衣组织杀手的莎朗·温亚德（贝尔摩德/vermouth）杀害了一直在调查组织的fbi探员（即茱蒂·斯泰琳的父亲），并放火烧了茱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的茱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以
“证人保护计划”保护起来。莎朗对小茱蒂说的
“asecretmakesaomanoman”（女人因秘密而美丽）令她印象深刻。
身为女明星的莎朗·温亚德和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一学习易容术，两人因此相识，并成为好友。
307－308龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。
黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。286－288新一和兰到纽约游玩(在前往纽约的航班上新一生平第一次解决案件，开辟了侦探生涯)，有希子招待他们看百老汇的歌剧
“金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。
歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘出租车回酒店。
路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。
银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。
（银发杀人魔为贝尔摩德假扮，毛利兰初见赤井秀一）莎朗假造了自己的死亡，以女儿克里丝的假身份继续生活下去。
1、2、4新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，还成立了少年侦探团552漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
13漫画中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。43工藤夫妇得知柯南身份。
48－49服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。54柯南偶遇黑衣组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
57－58服部平次知道柯南身份，并开始合作。128－131灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是aptx4869，转入帝丹小学，之后灰原哀还透露组织半个世纪前已经策划某个大计划。
176－178柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。
但是柯南依然打听到了黑衣组织准备在杯户饭店由组织代号为pisco的成员进行暗杀活动。
柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了pisco，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。
匹斯可暗杀成功后发现灰原，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。
于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。
在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。
既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被琴酒灭口。
（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
170－171新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。
（新出正式登场）－长大的茱蒂加入了fbi，追查贝尔摩德来到了日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
188－193柯南暂时变回新一并化妆成黑衣骑士与小兰短暂见面。
－贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被fbi暗中保护下来。
贝尔摩德开始假冒新出智明的身份。226－227茱蒂首次登场并与柯南相识，并看见他借助园子破案。
230－231开始琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关，少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救（本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德）。
242灰原哀提到琴酒是左撇子。253－254新出医生（贝尔摩得假扮）可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258－259柯南等人认识了来自芝加哥的老人
“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走，同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、coolguy。
269－270高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。
偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导fbi她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了fbi果然将注意力转向毛利。
271－272柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了fbi；二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277－278案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果，在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
284－288毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。289－290灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307－311小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。
最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美，另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇），了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被gin抓到（最后柯南和哀离开时，
“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑衣组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
