329－330阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
335－336柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃（最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是fbi，由于哀与照片中的人物相似，因此fbi猜测她就是贝尔摩德的目标。
另外最后赤井对着哀的照片说了一句
“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
338－339340－341哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和茱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。
故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说
“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面，贝尔摩德和fbi双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器。
博士家被窃听后，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。
当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带，提到了某件惊人的事情，之后贝尔摩德打电话找组织成员
“卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动。343－344茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务，不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进茱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。
另一方面，贝尔摩德不向兰开枪并叫她angel，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
345贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。
346－347灰原哀拒绝了证人保护计划。361－362真正的新出医生回归。
374－375385－387394－396山村操给他奶奶发信息，开头按键音和boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一钢琴世家后，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子，最后还得知boss的手机号。
425小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
小五郎等人虽然抓到了犯人，但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑衣组织同党一事。
随后，黑衣组织制定了于下午1点在艾迪p暗杀一个代号为dj的人的计划。
遭到fbi与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。429－430本堂瑛祐登场。
462－465贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。
目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。
484－485柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片，本堂瑛祐及水无怜奈的身份越来越清晰了。
491－504本堂瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。
与此同时，黑衣组织四处寻找水无怜奈，得到fbi帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为cia的卧底和瑛祐的姐姐，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一，之后赤井秀一疑似牺牲。
507－508本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
509水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。
据灰原哀反应来看此人来头不小，他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
511柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
521工藤新一第三次恢复。542－543灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。
563－564脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。
在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。
赤井秀一很喜欢喝波本酒。578－581疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了
“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。
伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。
与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
616－621工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是aptx4869的研发者。
622－623阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。
646－651自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良
“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。656－657世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了
“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。
并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667－668自称侦探的安室透登场，在事件解决完毕后自愿成为小五郎的弟子。
